为防止检测器被污染，便携快速色谱仪的温度设置不应底于色谱柱实际工作的标准温度，一旦检测器被污染，轻则灵敏度下降或噪声增大，重则点不着火。消除污染的办法是清洗，主要是清洗喷嘴表面和气路管道。具体办法是拆下喷嘴，依次用不同的溶剂浸泡，并在超声波水浴中超声10分钟以上。还可用细不锈钢丝穿过喷嘴中间的孔，或用酒精灯烧掉喷嘴内的油状物，以达到*清洗的目的。有时使用时间长了，喷嘴表面会积碳，这会影响灵敏度。可用细纱纸轻轻打磨表面除去。清洗之后将喷嘴烘干，再装在检测器是进行测定。
FID是用氢气和空气燃烧所产生的火焰使被测物质离子化的，故应注意安全问题。在未接色谱柱时，不要打开氢气阀门，以免氢气进入柱箱。测定流量时，一定不能让氢气和空气混合，即测氢气时，要关闭空气，反之亦然。无论什么原因导致火焰熄灭时，应尽快关闭氢气阀门，直到排除了故障，重新点火时，再打开氢气阀门。仪器有自动检测和保护功能，火焰熄灭时可自动关闭氢气。
1.避免SiO2进入检测器，色谱柱要很好的老化，尤其硅氧烷类固定液，其液膜要薄。还要避免衍生化后样品中有SiO2残留进入色谱柱。
2.在满足灵敏度要求的条件下，尽可能用低的热离子源电压。
3.关闭载气前，应将热离子源的电压调为0，否则没有载气通过，会在几分钟内烧毁。
4.便携快速色谱仪存放要避免潮湿，当仪器不用时，需要保持检测器温度在100以上。
5.如果一段时间不进样分析，就应该降低热离子源电压，但不要关闭。因为减低电压后铷盐珠仍是热的，再进样时升高电压很快就能稳定。如果关闭后再通电压，则检测器需要几小时的平衡时间。
